Ce siècle peut être considéré comme la grande époque des automates androïdes et animaliers, qui a vu la création de véritables chefs-d’œuvre par de prestigieux horlogers.Toutefois, bien au-delà du simple divertissement, le but de leurs constructeurs étaitde faire progresser la science du vivant, selon le modèle du « corps-machine ». L’influent philosophe et savant français René Descartes (1596-1650) a été le père d’une doctrine du vivant dont le retentissement s’est ressenti jusqu’à nos jours. Selon lui, le corps-machine et l’âme (« substance pensante » et non pas principe de vie) sont comme deux principes antagonistes au sein de l’homme. Moins perfectionné encore, l’animal n’est qu’un corps purement mécanique. Dans son Traité de l’Homme, le philosophe, passant en revue les fonctions du vivant, explique comment celles-ci procèdent « de la seule disposition de ses organes, ni plus ni moins que font les mouvements d’une horloge, ou autre automate, de celle de ses contrepoids ou de ses roues ; en sorte qu’il ne faut point concevoir en elle aucune autre âme […] ni aucun autre principe de mouvement et de vie, que son sang et ses esprits, agités par la chaleur du feu qui brûle continuellement dans son cœur, et qui n’est point d’autre nature que tous les feux qui sont dans les corps inanimés. » En d’autres termes, le corps n’est qu’une machine hydraulique, c'est-à-dire dont les pièces sont mues par un fluide (le sang ou l’esprit) mis en mouvement par une source d’énergie. Conquis par cette doctrine novatrice, qui prend le contrepied de la doctrine chrétienne traditionnelle, d’éminents horlogers vont chercher à participer au développement de la science, comprise selon l’approche cartésienne, en fabriquant des automates perfectionnés, dans le but d’aider les savants à comprendre le fonctionnement des corps-machines. Le plus connu d’entre eux est sans doute J. Vaucanson, né en 1709. Très tôt passionné par l’horlogerie, il va se consacrer aux études de mécanique, de physique, d’anatomie et de musique. Après avoir travaillé à  des modèles d’organes humains fonctionnels pour des chirurgiens, il va construire plusieurs automates : d’abord deux joueurs de flûte, puis son chef-d’œuvre, un « canard digérateur ». Ce dernier est capable de cancaner, de bouger les ailes, de simuler la nage, d’ingurgiter et de digérer de la nourriture. De petits cylindres crantés dissimulés dans ses pattes permettent de programmer les séquences de mouvements, qui seront qualifiés de « réalisme quasi naturaliste » par certains témoins. Malheureusement, le canard brûlera en 1880. Nous n’en avons conservé que quelques descriptions et gravures. L’horloger se lancera encore dans un automate reproduisant la circulation du sang, mais il ne l’achèvera pas et orientera par la suite ses travaux vers les besoins de l’industrie de la soie. Nous voyons que la science moderne, quoique ayant abandonné l’aspect désuet des automates, poursuit bien selon la même direction : celle d’une pure mécanique, certes extrêmement complexe, mais dénuée de tout principe de vie, dénuée d’âme.