Les droits des Tyroliens furent annulés par les Bavarois ; leurs coutumes et leurs pratiques religieuses menacées : les pèlerinages, les processions et les manifestations extérieures de la foi furent interdits. Il fut exigé des jeunes gens qu’ils s’engagent pour six ans dans les armées de Napoléon. Le mécontentement de cette population si fortement attachée à la foi catholique et au trône des Habsbourg alla croissant et suscita en 1809 un mouvement d’opposition, comparable à celui des provinces de l’Ouest de la France en 1793. La figure centrale en fut un habitant de la vallée du Passeiertal, dans le Tyrol du Sud : Andreas Hofer.            « Pour Dieu, l’Empereur et la Patrie ! » Régent du Tyrol au nom des Habsbourg, entraînant ses montagnards au cri de « Pour Dieu, l’Empereur et la Patrie », Andreas Hofer a sa place parmi les plus nobles figures de la résistance chrétienne face à l’impiété révolutionnaire, Napoléon incarnant « la révolution couronnée ». L’armée franco-bavaroise du maréchal Lefebvre et du prince Eugène de Beauharnais, sous-estimant totalement son adversaire, subit de lourds revers. Habituée qu’elle était à des combats rangés sur des champs de bataille, elle fut déroutée par cette guérilla populaire. Les Tyroliens combattaient avec ce qu’ils avaient : fourches, faux, fusils de chasse… Leur courage était aiguillonné par le soutien massif des religieux. Trois fois, l’ennemi fut repoussé, mais le destin du Tyrol se jouait sur les champs de bataille et lors des conférences de paix. Fin 1809, bien des insurgés avaient été tués, des centaines de villages et de fermes avaient été incendiés, la famine et la misère régnaient sur le Tyrol, les héroïques chouans tyroliens durent rendre les armes. Trahi par un voisin, Hofer fut livré aux troupes françaises, emprisonné à Mantoue, et fusillé par les Français le 20 février 1810. On dit que Napoléon avait ordonné un « juste procès avant de le descendre », même si, plus tard, il put soutenir devant Metternich qu’Hofer avait été exécuté contre sa décision. En 1823, ses restes furent rapportés à Innsbruck, où ils reposent, dans la Hofkirche, cénotaphe de l’empereur Maximilien I^er, parfois nommée l’église « des bonshommes noirs » ou des franciscains. Sa mémoire fut honorée comme celle d’un martyr, au Tyrol et dans toute l’Autriche. Son nom devint un point de ralliement contre la puissance napoléonienne. La  chanson « Zu Mantua in Banden » (« Emprisonné à Mantoue »), qui raconte la mort du héros, est devenue l’hymne du Tyrol. La fête du Sacré-Cœur de Jésus, dont les résistants à Napoléon arboraient l’image sur la poitrine, est, depuis lors, la grande fête de cette contrée, qui reconnaît en Andreas Hofer l’incarnation de ses sentiments de foi et de patriotisme.