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Le 6 août 1945 ; une bombe atomique est lancée sur Hiroshima. Le 9 août, c’est le tour de Nagasaki. Les blessés affluent à l’hôpital et Takashi se dépense jusqu’à la limite de ses forces pour les soigner. Le département de radiologie part en fumée et, avec lui, 13 années de recherche ! Le 11 août, Takashi part à la recherche de son épouse. Sa maison n’est plus qu’un amas de ruines. Il y découvre les restes carbonisés de son épouse, un chapelet à la main. « Merci mon Dieu de lui avoir permis de mourir en priant ! Marie, Mère des Douleurs, merci de l’avoir accompagnée à l’heure de la mort ! »  Début septembre, Takashi est mourant. Il a l’inspiration de prier le père Kolbe. Le lendemain, il est hors de danger. C’est là qu’il bâtit la cabane où il habitera désormais. Il l’appelle Nykoko (Aimez les autres comme vous-même). Printemps 1947, Takashi doit s’aliter. « Tout ce qui m’importe, ce sont les plans de Dieu pour moi ; la seule vie qui m’intéresse est celle vécue pour Lui… un jour à la fois, avec le soutien de la prière. »  Sachant que ses jours sont comptés, il écrit son testament à ses enfants : « Mes chers enfants, aimez votre prochain comme vous-même. Voilà la parole que je vous laisse… Bientôt vous serez orphelins… Votre chemin solitaire est ce que Dieu, dans sa Providence, a choisi spécialement pour vous… Demandez-lui comment l’utiliser pour sa gloire. »  Couché sur le dos, Takashi écrit encore de nombreux ouvrages : 15 en 4 ans ! Il veut donner un compte-rendu fidèle de l’explosion atomique à travers son expérience personnelle et sa compétence et aussi travailler à l’établissement d’une paix durable. Convaincu que celle-ci ne peut se fonder que sur l’esprit d’amour, il propage le message chrétien. se « Nous devons tous oublier notre malheur personnel et travailler à ce que notre ville et notre pays se relèvent enfin. » Son refus de devenir pessimiste en toute situation est un trait de son caractère. Il écrit des articles – gratuitement –  pour des revues pauvres, afin de contribuer à redresser l’économie. Quand il reçoit de l’argent grâce à ses écrits, il garde l’essentiel pour sa famille et donne le reste pour des causes comme la reconstruction de l’hôpital. Il fait planter 1000 cerisiers dans le quartier chrétien, épicentre de l’explosion atomique, pour la transformer en colline de fleurs. La fleur de cerisier est, pour les chrétiens japonais, symbole de la joie pascale. Son influence s’étend grâce à ses écrits. Il ne lui reste bientôt plus que la nuit pour écrire car, dès le matin les visiteurs s’annoncent. Ce sont des personnes de toutes conditions et croyances religieuses. L’empereur lui-même vient le visiter. Toutes veulent recevoir de lui une parole d’espérance. « Cela m’ennuie, mais puisqu’ils ont la gentillesse de venir ici, ne dois-je pas tâcher de verser un peu de joie dans leur cœur et de leur parler de notre espérance catholique. Je ne peux pas les renvoyer. »  Le jour de ses obsèques, les cloches des églises et les gongs bouddhistes résonnent ensemble.