Le 5 février 1928, dans la bataille de Cotija, le cheval du général des Cristeros est tué. Immédiatement, José Luís insiste pour lui laisser son cheval et couvre sa fuite. « Me voici, dit-il aux Fédéraux qui l’arrêtent, parce que je n’ai plus de balles, mais je ne me rends pas ! » Il est enfermé dans l’église de son village, transformée en écurie. Le chef, qui n’est autre que son parrain, le député Picazo, y a placé ses 2 coqs de combat. Indigné, la nuit tombée, lorsque ses gardes se sont assoupis, José les tue et, avec sa chemise, nettoie l’autel souillé par leurs fientes. En l’apprenant, Picazo décide de lui faire payer cet affront. Vous pouvez me couper la langue et m’attacher les pieds et les mains, chaque geste et chaque mouvement de mon corps sera encore pour moi une façon de crier : "Vive le Christ Roi !" Les Fédéraux commencent par toutes sortes de chantages : ils lui offrent de l’argent pour qu’il parte vivre aux Etats-Unis, ou encore une carrière militaire brillante. La réponse de José est invariable : « Plutôt mourir que trahir le Christ et ma Patrie. » Commencent alors pour lui 3 jours de supplices. «Vous pouvez me couper la langue et m’attacher les pieds et les mains, chaque geste et chaque mouvement de mon corps sera encore pour moi une façon de crier "Vive le Christ Roi !" »   Chaque jour des camarades parviennent à échanger quelques mots avec lui, à la dérobée, par la discrète fenêtre du baptistère donnant sur la rue. Ils le voient prier le rosaire. Le 10 février, ils l’informent de son exécution prochaine. Il leur confie alors un mot pour sa tante Maria, qui l’avait soutenu dans son projet de devenir cristero : « Très chère Tante, je suis condamné à mort. Ce soir même arrivera le moment que j’ai tant, oui, tant désiré. Je te remercie pour toutes les faveurs que tu m’as accordées. Je ne me sens pas capable d’écrire à ma petite maman. Accorde-moi la faveur de lui écrire à ma place, ainsi qu’à ma petite sœur Maria-Luisa. Dis à tante Magdalena que j’ai obtenu de mes gardes qu’elle vienne me voir une dernière fois, cette nuit même, afin qu’elle me porte la communion comme viatique… Donne mon salut à tous et toi, reçois, comme toujours et pour la dernière fois, le cœur de ton neveu qui t’aime… Christ vit, Christ règne. Vive le Christ Roi et la Ste Marie de Guadalupe ! José Sanchez del Río qui mourut en défendant sa foi. Adieu. »  A 23 h, après lui avoir lacéré la plante des pieds, ses bourreaux l’obligent à marcher jusqu’au cimetière pour y creuser sa tombe. Malgré le couvre-feu, certains villageois le suivent et voient comment, tout au long de son chemin de Croix, à chaque coup de couteau qu’il reçoit il crie « Vive le Christ Roi ». Excédé, un des soldats lui assène un coup de crosse qui lui fracture la mâchoire. Mais en l’entendant redire « Vive le Christ Roi et Ste Marie de Guadalupe », le chef de garde lui tire une balle dans la tête. Quelques pelletées de terre sur le corps ensanglanté et les bourreaux s’enfuient. Les Fédéraux doivent ensuite interdire les entrées du cimetière à la population qui se presse pour recueillir une relique du petit « santo cristero ». Plus tard, les blanchisseuses du village découvriront, dans une poche de son uniforme militaire, ce simple bout de papier : « Ma petite Maman, me voilà pris et ils vont me tuer. Je suis content. La seule chose qui m’inquiète est que tu vas pleurer. Ne pleure pas, nous nous retrouverons. José, mort pour le Christ Roi. »