Le 13 juillet, La Sainte Vierge fait voir aux enfants l’enfer et les damnés : telle est la première partie. Ensuite Notre Dame demande aux enfants de l’aider à sauver les âmes de l’enfer par la dévotion à son Cœur Immaculé. Elle prophétise une guerre pire si l’on ne cesse d’offenser Dieu et demande la consécration de la Russie à son Cœur Immaculé : c’est la deuxième partie.

A la fin de la messe de béatification de Jacinthe et François, en mai 2000, le secrétaire d'État du Pape a annoncé l'intention du Pape de dévoiler la troisième  partie du secret. Peu avant, sœur Lucie a relu le papier qu’elle avait écrit, et confirmé qu’il s’agissait bien là de l’intégralité du secret. Quel est son contenu ? Les enfants voient « sur le côté gauche de Notre Dame un peu plus en hauteur, un Ange avec une épée de feu dans la main gauche ; elle scintillait et émettait des flammes qui, semblait-il, devaient incendier le monde ; mais elles s'éteignaient au contact de la splendeur qui émanait de la main droite de Notre-Dame en direction de lui ; l'ange, indiquant la terre avec sa main droite, dit d'une voix forte : Pénitence ! Pénitence ! Pénitence ! ». Puis ils voient « un évêque vêtu de blanc », avec des évêques, prêtres et religieux, monter sur une montagne escarpée, au sommet de laquelle se trouve une grande Croix. Il traverse une ville remplie de cadavres. A genoux devant la croix, il est tué par des armes à feux et des flèches, ainsi que ceux qui l’accompagnent. Sous les deux bras de la croix se trouvent deux anges avec des arrosoirs en cristal pour recueillir le sang des martyrs, avec lequel ils irriguent les âmes qui s'approchent de Dieu. Comment faut-il l’interpréter ? Joseph Ratzinger l’a commenté en 2000. L’ange avec l’épée de feu rappelle l’Apocalypse et la menace du jugement qui plane sur le monde. La Mère de Dieu s’oppose au pouvoir de destruction, en appelant à la pénitence. La montagne et la ville symbolisent l’histoire humaine, qui est une montée, mais aussi un lieu de destructions. La croix vient transformer la destruction en salut. Les cadavres renvoient aux nombreux martyrs du XX^ème siècle. L'évêque vêtu de blanc est Jean-Paul II qui a reconnu dans la troisième partie du secret son destin personnel : "C'est une main maternelle qui guida la trajectoire de la balle et le Pape agonisant s'est arrêté au seuil de la mort". En effet, la foi et la prière peuvent influer sur l'histoire des hommes. Le sang des martyrs recueilli par les anges est une note d’espérance, il est source de grâces pour les âmes. La promesse de Notre Dame "Mon Cœur immaculé triomphera" rappelle que son fiat a changé le cours de l’histoire. Car il a permis l’Incarnation. Le Malin a du pouvoir.